يعد فعل ختان الذكور، ممارسة شرقية بامتياز، ويرتبط عند شعوب المنطقة بالدين في المقام الأول، ويعتبر من أقدم الإجراءات الجراحية في العالم، ورغم الاعتقاد بأنه نشأ منذ عشرات الآلاف من السنين على الأقل، إلا أنه لا أحد يعرف على وجه التحديد سبب بدايته.
وعلى الرغم من عدم وجود إجماع بين العلماء فيما يتعلق بأصول الختان، تؤكد نظريات أن هذا الإجراء نشأ على الأرجح في مصر منذ حوالي 15000 عام وأن ممارسته انتشرت لاحقًا في جميع أنحاء العالم أثناء الهجرات البشرية في عصور ما قبل التاريخ.
تقدم المومياوات المصرية والمنحوتات الجدارية المكتشفة في القرن التاسع عشر بعضًا من أقدم السجلات للختان والتي ترجع تاريخ هذا الإجراء إلى 6000 عام قبل الميلاد على الأقل. ومع ذلك، يعتقد مؤلفون آخرون أن الختان تطور بشكل مستقل في ثقافات مختلفة. على سبيل المثال، عند وصوله إلى العالم الجديد، وجد كولومبوس أن العديد من السكان الأصليين كانوا مختونين بالفعل.
استخدمت العديد من الثقافات الختان تاريخيًا لأسباب صحية بينما قامت ثقافات أخرى بأدائه كطقوس مرور إلى الرجولة، كعلامة على الهوية الثقافية (مثل الوشم)، أو كقربان احتفالي للآلهة.
وكانت ممارسة الختان الطقسي في الثقافات الشرق أوسطية مستمرة منذ ما لا يقل عن 3000 عام. وفي أواخر القرن التاسع عشر، تطورت هذه الطقوس القديمة إلى ممارسة طبية روتينية متأثرة بتقارير ربطتها بعلاجات معجزية للفتق والشلل والصرع والجنون والاستمناء والصداع والحول وهبوط المستقيم واستسقاء الرأس والقدم الحنفاء والربو وسلس البول والنقرس.
يقول موقع المتحف المصري، إن جدارية مقبرة عنخ ماحور في سقارة تعود إلى القديمة المملكة القديمة، الأسرة السادسة، عهد الملك تيتي، حوالي 2345-2333 قبل الميلاد، تصور بشكل واضح عملية ختان الذكور، كأقدم نقش معروف في العالم يصور هذه الممارسة، ويظهر فيه كهنة الجنائز يستخدمون سكاكين الصوان لإجراء طقوس الختان على مجموعة من الأولاد.